Nació el 10 de enero 1607 en Orleans, en Francia. Ingresó en la Compañía de Jesús en 1624 y en 1636, después de ser ordenado, fue enviado a América del Norte para evangelizar a los pueblos indígenas. Se dirigió hacia los Grandes Lagos, donde vivió durante seis años, constantemente expuesto a diversos peligros. En 1642, Isaac Jogues, su ayudante René Goupil y unos cuarenta indígenas de la tribu de los hurones, cayeron en una emboscada tendida por los iroqueses. Todos fueron salvajemente torturados y mutilados, no sólo los misioneros sino también los convertidos. Jogues fue luego trasladado a Albany, donde los comerciantes calvinistas holandeses le ayudaron a escapar. Regresó a Francia. Pero en 1644 el misionero partió de nuevo al Canadá. Dos años más tarde fue asesinado por un golpe en la cabeza y decapitado. Fue canonizado en 1930 por el Papa Pío XI, con el conjunto de los mártires de la evangelización de América del Norte, que se celebra mañana.