La ciudad como tal no es mencionada en ninguno de los evangelios, las citas que ilustran este artículo son las 12 veces que aparece como gentilicio de María, llamada precisamente Magdalena por ser de Magdala.
En algunos manuscritos de Mateo, sustituye al nombre de Magadán, como destino de Jesús y los apóstoles tras la segunda multiplicación de los panes. Así lo ha conservado incluso la tradición koiné, aunque con toda probabilidad el nombre que ponía Mateo era el desconocido, y Magdala sólo aparece allí por sonar más familiar a los copistas. Lo mismo ocurre en algunos manuscritos de Marcos 8,10 (aunque en este caso no en la tradición koiné), donde sustituye a la desconocida Dalmanutá, que también es, posiblemente, el nombre que escribió Marcos originalmente, tal como lo reconoce en la actualidad la crítica textual.
Algunos suponen que simplemente los nombres que usan Mateo y Marcos son variantes del nombre de Magdala, pero no hay base para sostener eso.
La ciudad está localizada y es conocida en la tradición judía del primer siglo de nuestra era a través de las obras de Flavio Josefo, ya que él nos cuenta que el emperador Nerón (54-68 d.C.) cedió la ciudad, junto con muchas otras, a Agripa II (Ant. Jud. XX,8), recibiendo entonces el nombre griego de Tariquea, que se suponía que era equivalente al sentido del nombre arameo original, que es como será mencionada en el Talmud. En realidad "Tariquea" hace más bien referencia a las salazones, que eran un producto típico y muy apreciado de allí. Flavio Josefo la llama siempre con el nombre griego.
Según cuenta el propio Josefo en su Vida (nº 94ss), cuando como general tuvo que huir de Tiberíades por una conspiración contra el, se refugió en Tariquea. La ciudad desempeñó un papel importante en la resistencia judía contra Roma y fue sitiada por los romanos. Tras la muerte de Agripa II, pasó a formar parte de la provincia romana de Judea.
A pesar de que los evangelios no mencionan directamente la ciudad de Magdala, el gentilicio de María Magdalena la convirtió en la representante más célebre del lugar, fijando para siempre el nombre en la memoria cristiana.